Es una asunción común que hidropónico sistemas agrícolas que están encerrados en su mayoría están libres de plagas y otras enfermedades que causan los organismos. Sin embargo esto no es cierto. Debido a la ausencia de controles ambientales naturales sistemas hidropónicos pueden ser infectados con las poblaciones de plagas que pueden propagarse muy rápidamente si no prestarles atención inmediatamente.
Ácaros de araña son molestias comunes que crecen en las plantas en suelo menos sistemas. Crecen en el envés de las hojas que pueden comenzar a infectar plantas inadvertido. Para evitar que los ácaros de araña aumentando de nuevo, rociar las hojas con una solución de aceite de Romero o plaguicidas a base de aceite de Romero es recomendable y así están basadas en la piretrina aerosoles (Extracto de la flor de crisantemo).
Pyrethrinsprays tiene muy poco efecto sobre la calidad de sabor de frutas y verduras pero ácaros pueden desarrollar una resistencia a ella si se utiliza con frecuencia. Aceites de Neem también pueden utilizarse para controlar los ácaros de araña aunque debe ser rociados sobre las plantas antes de fructificación o floración comienza ya que puede afectar el sabor de la fruta.
Otros tipos de plagas de plantas como hongos pueden causar daño a las plantas en sistemas hidropónicos así. Una cura para todos los usos del agua, bicarbonato de sodio, jugo de limón y una muy pequeña cantidad de detergente para la vajilla rociado en las partes afectadas de las plantas ha demostrado para ser eficaz. Cuándo usar esta solución es importante asegurarse de que todas las áreas abiertas a la solución nutritiva son adecuadamente cubierto para que las burbujas de jabón no se convierten en la solución nutritiva. Otro enfoque de uso múltiple para controlar las plagas de la planta es la mezcla de Burdeos que se compone de suelo cal y sulfato de cobre. Esta solución aunque probado por más de un siglo para controlar eficazmente el crecimiento fúngico sin embargo no es muy orgánica.
Otro enfoque para el control de la enfermedad que es ideal para uso en sistemas hidropónicos de la planta se conoce como asesino de hongo biológico que es básicamente el uso de natural y sin modificar las bacterias y hongos para unir la infestación de la planta. Este método es eficaz en cuatro maneras. Biofungicidas atacan causando organismos mediante la producción de compuestos químicos que interfieren con la enfermedad y eventualmente matan la enfermedad que causa el organismo.
Biofungicidas también pueden consumir el alimento de las plagas o usar su espacio vital para erradicar completamente la plaga. Éstos también pueden alimentar directamente sobre el hongo o plaga usarlo como anfitrión. Por último, biofungicidas pueden producir antibióticos naturales que pueden elevar la capacidad de la planta para resistir las enfermedades. Estos organismos naturales del hongo-matanza son más seguros y más estable cuando se trata de almacenamiento en comparación con los productos químicos tóxicos. No son tóxicos para las plantas demasiado a pesar de un uso repetido. Sin embargo, estas sustancias químicas tienen también sus desventajas. Los organismos tienen un estrecho rango de objetivo, requieren más preparación antes de su uso y tienen una menor vida útil en comparación con productos químicos.